在灵蕈棋阵方法里，玩家需要控制自己选定的灵蕈来攻击场上不断出现的敌人，把它们全部击败后就能完成挑战。每一关的灵蕈棋阵在挑战前都可以选择要上场的灵蕈，它会给出十个灵蕈让玩家在里面选择四个，长按灵蕈可以查看它的信息和技能。在关卡的描述里也可以看到怪物的信息，以及部分怪物的机制，利用好机制可以更快消灭它们。每个关卡还有三个挑战任务，成功击败全部敌人只能完成其中壹个任务，想要把三个都完成需要在限量时刻里完成，而且结束时被击败的灵蕈数量不超过指定数量。

进入战斗后怪物会从前方不断刷出，它们会朝着灵蕈的位置移动并攻击它们。每个灵蕈都有不同的血量，当它们的血量变成0后会退场，这一关无法接着战斗了。右边会有一列灵蕈的头像，玩家需要同时指挥它们四个战斗，点击头像后可以控制这个灵蕈并运用它的技能。每个技能会消耗数量不等的妙妙灵冻，就是下方的十个黄色的点，只有灵冻数量足够才能运用技能。妙妙灵冻的数量会随着时刻缓慢增加，击败怪物后可以额外增加壹个，顶尖可以储存十个妙妙灵冻。

怪物和灵蕈身上都携带有元素，开局选择时还要看这一关出现的怪物大部分是啥子元素的，利用灵蕈攻击附带的元素进行反应可以扩大攻击范围或者增加伤害。全部的元素反应都是可以正常触发的，利用好它可以让自己过关的时刻缩短。有些技能直接点击就能给前释放，然而有些需要选中怪物作为目标才能对他释放。这种技能提议先选攻击高的怪物，由于它们的伤害高，很容易让灵蕈掉血。